系统方面，作为一款运营商出品的手机，自然不会太含糊。首先系统采用了基于Android 7.1定制的定制系统，系统中内置了不少功能，包括安全管家、流量管家、移动APP等。
尤其是在安全方面，中国移动A3s手机还内置了支付保镖功能，让用户使用网银访问应用程序中出现的链接时，支付保镖会对每个链接进行安全性扫描，以防止应用中出现的链接被恶意代码或木马病毒篡改。
此外还有检测WiFi安全、伪基站识别功能则为银行短信提供加密传输服务，第三方应用无法直接获取到有效信息，即使恶意程序对加密验证码进行暴力解密，所需的时间也远远超过了该验证短信的实际有效期，这就从根本上解决Android系统短信验证码容易泄露的问题。
内置的安全管家除了常规APP管理以外，还配备智能扫描引擎，基于海量用户大数据帮助用户做系统优化和垃圾清理，保持系统流畅；针对QQ和微信，拥有专项清理工具，帮助用户控制软件使用率，智能清理垃圾，识别率达到95%。
