还是从外观开始讲起，EOS R作为佳能的全画幅专微相机系统的第一款机型，在外观设计上有借鉴原本的EOS单反和EOS M微单的地方，也有完全创新的地方。
正面来看，手柄的线条与质感更像单反，双肩向下倾斜的弧线也类似单反，镜头释放按钮的造型和铭牌标识位置都和EOS单反更为接近。另外，需要指出的是，EOS R在关机状态下快门幕帘是呈现关闭状态的，好处就是在换镜头时，快门幕帘可以有效阻挡灰尘落在CMOS的表面。
背面是创新比较多的地方，手柄线条依然更像单反，按键排列更像微单，不过按键设定差别比较大，原本一直放在右下十字键处的速控拨盘被移到了机顶，EOS R取消了原本摇杆的设计，取而代之的是创新的M-Fn多功能条。
机顶的主拨盘采用了单反的设计，由于EOS R毕竟属于微单，所以机型尺寸有限，肩屏首次采用了方形设计，不过可显示的内容一点不少（这个之后会详细说明）。短片拍摄按钮和多功能锁按钮也被移动到了机顶，电源开关首次以拨盘的造型被安置在了左肩，没有独立曝光补偿拨盘，模式拨盘也被模式按钮取代（这点之后也会详细说明）。
底部电池仓盖采用的是单反的设计，兼容电池LP-E6N或LP-E6，这点和6D2、5D4等中高端单反是一样的。另外，底部有触点盖，可以接竖拍手柄。同时直流电连接器电线孔同样存在，在手柄下部内侧。
左侧面是常用的端子区域，有遥控端子、外接麦克风输入端子、3.5mm耳机端子、数码端子、HDMI mini输出端子，配备齐全，适合视频工作流使用。要补充说明的是，数码端子为USB 3.1 Type C规格，可以通过电源适配器PD-E1直接USB充电（支持PD方案的第三方充电宝理论也是可以的，有待验证兼容性）。
机身右侧为卡槽区，采用单卡槽设计，支持UHS-II规格SD存储卡，并且向下兼容。
EOS R没有内置闪光灯，也去除了单反的反光板加光学取景器的结构，所以整机和军舰部分都可以做的更小巧，整机尺寸约为135.8×98.3×84.4毫米，而84.4毫米的厚度主要是由于突出的手柄和EVF目镜罩，可以保持良好的握持稳定性和取景避光性。
内置的电子取景器为0.5英寸4:3画幅，拥有约369万点和约0.76倍的放大倍率，所以拥有良好的取景视觉效果。眼传感器被安放在了取景器下缘，可以方便在液晶屏取景和取景器取景间自动切换。
液晶屏还是佳能标准横轴翻转屏，可以自由的多角度翻转，低角度取景、高角度取景、竖拍、自拍等都可以满足。同时这块液晶屏支持触控，可以通过选定的激活区域触摸移动选取对焦框，没有摇杆同样可以快速切换焦点。
