额……这个问题……
首先孙悟空也不是个万能的神仙，虽然大闹天宫但最终不还是被镇住了。
其次是，《西游记》其实是一本十分反应社会现实的经典神话著作，众所周知许多妖魔鬼怪都是天上各路神仙的坐骑或者童子门徒，孙悟空代表的是一种纯净的反抗斗争的正义力量，而各路神仙从某种意义上说其实代表的是一种暗处的阻挠力量，他们总是想尽千方百计刁难孙悟空并且在损害到他们势力的时候给予挽救，其实往好了说是佛祖以慈悲为怀有好生之德，往坏了说便是是非不分偏袒自己。
最后，不知道你有没有这样的感觉，我小的时候看《西游记》，其实并不介意看到许多妖魔鬼怪的出现，反而是每每看到那些个天上的神仙佛祖出现都会有一种不寒而栗的感觉，他们无所不能，他们可以只手遮天，他们做的一切都是必须被赞颂的，这些让我看的寒心，真正可怕的反而就是这些神仙们。
以上乃个人观点。